Mit seiner Rolle des verliebten Barden William Shakespeare, der sich während der Arbeit an dem Stück "Romeo und Julia" in die geheimnisvolle Viola (Gwyneth Paltrow) verliebt und einen Bühnentriumph erlebt, schrieb sich Joseph Fiennes mit "Shakespeare in Love" (1998) in die Filmgeschichte ein. Im gleichen Jahr hatte er als Robert Dudley eine Affäre mit der von Cate Blanchett verkörperten englischen Königin im Biopic "Elizabeth", einem Film, der noch dazu zur selben Zeit wie "Shakespeare in Love" spielt.
Die Rolle des Liebhabers liegt dem Bruder des Schauspielers Ralph Fiennes ("Der englische Patient"), der mit seinen verträumt wirkenden Augen und dem ebenmäßigen Gesicht mehrfach in britischen Filmen dafür besetzt wurde: so als Laurence in der romantischen Komödie "Martha trifft Frank, Daniel und Laurence" und als Christopher in Bernardo Bertoluccis "Stealing Beauty". Die Abgründe, die sich dahinter verbergen können, illustrierte er in Chen Kaiges US-Debüt "Killing Me Softly": Die in London lebende Amerikanerin Alice (Heather Graham) verfällt dem rätselhaften Extremkletterer Adam (Fiennes) und heiratet ihn nach kurzer Zeit, nur um, durch anonyme Briefe aufgeschreckt, langsam zu vermuten, mit einem mehrfachen Mörder Tisch und Bett zu teilen.
Fiennes, der Schauspiel studierte und zunächst am Theater auftrat, war über das Rollenspektrum des bestimmt-sanften Verführers hinaus z.B. in Jean-Jacques Annauds Kriegsepos "Duell - Enemy at the Gates" zu sehen, wo er während der Schlacht um Stalingrad als Polit-Offizier den russischen Scharfschützen Zaitsev (Jude Law) zum Nationalhelden aufbaut, dem von deutscher Seite der Präzisionsschütze Major König (Ed Harris) entgegengesetzt wird. Zurück in die fernere Vergangenheit führte es Fiennes mit der Titelrolle in Eric Tills Historiendrama "Luther", in dem er sich vom selbstzweiflerischen Mönch zum hartnäckigen Freigeist entwickelt und dabei Unterstützung bei Friedrich dem Weisen, Kurfüst von Sachsen (Peter Ustinov), findet, sowie in der Shakespeare-Adaption "Der Kaufmann von Venedig" und dem bei der Berlinale 2005 präsentierten Drama "Man to Man".
Mit seltsamen Todesfällen setzte sich Fiennes als Gerichtsmediziner zusammen mit einer Versicherungsdetektivin - gespielt von Winona Ryder - in der schwarzen Komödie "The Darwin Awards" auseinander. Unter der Regie von Ryan Murphy (Nip/Tuck) gab der Schauspieler den 35-jährigen schrägen, homosexuellen Fotografen Neil Bookman in "Krass", der dem Hauptprotagonisten Augusten zur Seite steht. 2006 engagierte ihn Bille August für "Goodbye Bafana" als Gefängniswärter auf Robben Island, der den inhaftierten Nelson Mandela (Dennis Haysbert) ausspionieren soll, sich aber im Laufe der Zeit mit ihm anfreundet.