Seit 1993 betreibt Paula Wagner mit Tom Cruise ihre gemeinsame Firma Cruise/Wagner Productions (C/W). Bis zu ihrem Bruch mit dem Studio im Sommer 2006 war die Company bei Paramount untergebracht. Nach der vergleichsweise enttäuschenden Performance der kostspieligen Produktion "M:I:III" drängte das Studio auf eine Neuverhandlung des Vertrags mit der Produktionsfirma, deren Overhead von zehn Mio. Dollar im Jahr von Paramount bezahlt wurde und deren Beteiligung an den Einspielergebnissen einen Profit für das Studio selbst bei Erfolgen zunehmend erschwerte. Das Resultat war eine schlagzeilenträchtige Trennung mit lautstarken Vorhaltungen von beiden Seiten. In der Kritik standen auch Tom Cruises für negative Publicity sorgende Auftritte in den USA, wie sein berühmter Sofa-Sprung in Oprah Winfreys Show, um seine Zuneigung zu seiner neuesten Freundin Katie Holmes zu demonstrieren.
Dennoch zählt C/W Produktions zu den erfolgreichsten Produktions-Outfits von Hollywood. Seit der Gründung haben Wagner und Cruise Hits hergestellt, die mit zahlreichen Preisen, höchstem Kritkerlob und internationalem Boxoffice-Erfolg bedacht wurden. Zusätzlich zu den Erfolgen der "Mission: Impossible"-Reihe und dem spektakulären "Krieg der Welten" zeichnen die Produzenten für Filme wie "The Others", "Vanilla Sky", "Elizabethtown", "Shattered Glass" sowie "Last Samurai" (für Warner) und "Ask the Dust" verantwortlich. Im November 2006 erwarb C/W Productions einen minoritären Anteil an United Artists, dem ehemals berühmten Studio, das inzwischen ein Label von Sonys MGM ist.
Vor C/W Productions war Paula Wagner 15 Jahre lang eine der Top-Talentagentinnen der Filmindustrie bei der einflussreichen Agentur CAA, bei der Tom Cruise nach wie vor unter Vertrag ist. Davor war Wagner eine Bühnenschauspielerin und trat am Yale Repertory Theater sowie am Broadway und Off-Broadway auf. Außerdem war sie Koautorin des Stückes "Out of Our Father's House".
2001 wurde Wagner vom "Premiere"-Magazin mit dem Women in Hollywood Icon Award ausgezeichnet. Im darauf folgenden Jahr erschien ein Porträt in Bravo's "Women on Top", eine Dokumentation über Top-Frauen in der Unterhaltungsindustrie. Wagner und Cruise wurden mit zwei Preisen der Producers Guild ausgezeichnet: dem Nova Award 1997 und dem Vision Award 2004. Ebenfalls 2004 wurde das Produzententeam von Daily Variety als "Billion-Dollar Producers" geehrt. 2005 war Wagner zum dritten Mal in Folge Ko-Vorsitzende des Hollywood Film Festivals. Sie ist im Vorstand der American Cinematheque und im Kuratorium der Carnegie Mellon University. Außerdem ist sie in den Vorständen der UCLA School of Theater, Film and Television und der National Film Preservation Foundation der Library of Congress.
Paula Wagner ist mit dem CAA-Talentagenten Rick Nicita verheiratet, der auch Tom Cruise vertritt.