Unmittelbar nach seiner neunten Regenerierung rettet der Doktor die Stadt London vor einer Invasion durch die Autons. Dabei kommt ihm die junge Rose zu Hilfe, die ihn fortan auf seinen Reisen begleitet. In Amerika entdecken die beiden einen einzelnen Dalek, der sich in einem geheimen Museum für außerirdische Exponate befindet. Schon bald bekommen der Doktor und Rose Gewissheit: Der Herrscher der Daleks hat den Zeitkrieg überlebt und die Rasse der Daleks zu neuer Stärke geführt. Dem Doktor bleibt nur eine Möglichkeit, die außerirdischen Feinde zu vernichten. Doch damit könnte er auch einen Großteil der Erdbevölkerung auslöschen.

Für die Serie über die neunte Regenerierung übernahm Christopher Eccleston die Rolle des Doktors von seinem Vorgänger Paul McGann. Am Ende der 13 Folgen erfolgt die zehnte Regenerierung und Eccleston übergibt das Zepter an David Tennant. Produziert wurde die neue Serie von Russel T. Davies, der sich im Erwachsenenprogramm vor allem durch die kontrovers diskutierte Serie "Queer as Folk" einen Namen gemacht hatte.