Franziskus wächst in einem wohlhabenden Haus auf. In Kriegsgefangenschaft fällt dem Lebemann eine Bibel in die Hände. Er besucht eine Armensiedlung und entsagt fortan jeder Art von Luxus oder Begierde, um das Evangelium in letzter Konsequenz zu leben. Obwohl Franziskus sich mit seiner Familie überwirft und in der Stadt geächtet ist, kann er immer mehr Gleichgesinnte um sich sammeln und die Botschaft Gottes verbreiten. Als der Vatikan die Gemeinschaft als Orden anerkennt, verlangen seine Jünger nach Regeln. Verbittert und unverstanden zieht sich Franziskus in die Wälder zurück und wartet auf ein Zeichen Gottes. Er wird erhört.

"Franziskus" ist nach "Francesco D'Assisi" (1966) bereits die zweite Adaption des Stoffs durch Liliana Cavani. Sie selbst empfand, in ihrem ersten Film das religiöse Motiv vernachlässigt zu haben. In einzelnen Episoden berichten die Jünger des Franziskus nach dessen Tode von den Stationen seines Lebens. Die Wahl der Titelfigur fiel auf Superstar Mickey Rourke, der den Franziskus - wie nicht anders zu erwarten - bis zur letzten Konsequenz darstellt. Der Cavani gelang ein religiöses Historiengemälde des 13. Jahrhunderts, das es aufgrund seines schwierigen Themas schwer haben wird. Der Name Mickey Rourke sollte dennoch attraktiv genug sein, um "Franziskus" zum Erfolg zu verhelfen.