Nachdem es den Soldaten der Spezialeinheit G.I. Joe einmal mehr gelungen ist, ihre Gegner von der Terroristenorganisation Cobra in die Schranken zu verweisen, verbünden sich diese mit Cobra-La, einer uralten Zivilisation von Schlangenmenschen. Deren Anführer Globulus plant ein Gewächs ins All zu schießen, dessen Sporen die Menschheit mutieren lassen sollen. Dazu benötigt er jedoch ein neu entwickeltes Gerät der G.I. Joe, das ihm Cobra-Chef Serpentor beschaffen soll.

Nach den ersten drei Staffeln der Animationsserie entstandenes Langfilmabenteuer, in dem versucht wurde, eine ausgearbeitetere Handlung mit ein wenig mehr Gewalt und besserer Animation zu bieten. "G.I. Joe" zählte zu den erfolgreichsten Serien dieser Art in den USA der achtziger Jahre und hatte seine Wurzeln in einer Produktreihe von Actionfiguren, die schon Jahre vor der Serie auf den Markt gekommen war. Achtziger-Star Don Johnson ("Miami Vice") lieh einer der Figuren im Film seine Stimme, außerdem wurde der damals populäre WWF-Wrestler Sgt. Slaughter als Figur eingearbeitet.