Dr. Beverly Crusher hat die Enterprise verlassen und ihre Nachfolgerin Dr. Pulaski bekommt im Verlauf der zweiten Staffel ausreichend Gelegenheit, ihre Fertigkeiten als Ärztin zu beweisen. Neben diversen Einzelabenteuern, die sich vornehmlich mit diplomatischen Missionen beschäftigen, gibt es ein Wiedersehen mit Q. Als ihm die Bitte verweigert wird, Mitglied der Enterprise zu werden, versetzt er das Schiff in einen anderen Quadranten. Dort trifft die Crew erstmals auf die Borg. Auch Datas Persönlichkeit ist Thema einiger Folgen. Unter anderem gilt es zu klären, ob der Androide selber über sein Leben bestimmen darf.

21 Jahre nach der ersten Folge der "Enterprise"-Serie mit William Shatner als Captain Kirk ging eine neue Besatzung an Bord. Wie schon zuvor zeichnete Gene Roddenberry für das Konzept verantwortlich, und er legte großen Wert auf die friedliche Lösung von Konflikten. Die Serie löste einen neuen "Star Trek"-Boom aus, der bislang drei weitere Serien folgten. In dieser Staffel ist erstmals Whoopie Goldberg als Barkeeperin Guinan zu sehen. Insgesamt hatte sie in 28 Episoden einen Gastauftritt.