Unter der Führung der Jedi-Ritter kämpft die republikanische Klonarmee gegen die Streitkräfte der Separatisten. Immer noch hält sich der abtrünnige Darth Sidious im Hintergrund, aber mit dem grausamen General Grievous hat er eine nahezu perfekte Tötungsmaschine, die den Jedi das Leben schwer macht.

Die Emmy-gekrönte Serie bildet eine Brücke zwischen den "Star Wars"-Episoden II und III. Unter der Regie von Genndy Tartakovsky erzählen die Kurzfilme George Lucas' Vision weiter und verkürzen die Wartezeit zum letzten großen Kinoabenteuer der imposanten Sternensaga.