Timmy, dem tolpatschigen Sohn von Jonathan Brisbee, der ehemals Mäuse und Ratten aus den Labors von Nimh rettete, steht das gleiche Schicksal bevor wie seinem Vater. Hierzu wird er zum Weisen Nikodemus geschickt, wo er lernen soll, wie man ein richtiger Held wird. Mit Rabe Jeremy und dem mutigen Mäusemädchen Jenny wagt er sich in das Labor von Nimh, wo ein wahnsinniger Wissenschaftler Gen-Experimente an Tieren und Menschen betreibt - auch an Timmys Bruder Martin. Dabei muß er erst einen Hund, zwei Katzen und einen Mäusebussard überlisten.

Fortsetzung des erfolgreichen Mäuse-Märchen-Abenteuers "Mrs. Brisby und das Geheimnis von Nimh" (1982 lockte es fast zwei Mio. Besucher in deutsche Kinos) von MGM/Warner, das in Disney-Tradition einige Gesangsnummern zwischen die ein wenig didaktischen, aber durchaus spannenden Episoden plaziert. Nach der Disney-Formel sind es auch hier vor allem die Sidekicks, wie der unwissende und feige Jeremy oder eine kleine Raupe, die für die richtige Portion Witz sorgen.