Die Turtles suchen ein neues Zuhause und finden ein stillgelegtes U-Bahn-Depot als Domizil. Sie ahnen nicht, daß Shredder, der Oberbösewicht, wieder unter ihnen ist. In den Sümpfen vor dem Gelände von T.G.R.I. findet er Behälter mit Ooze, jener radioaktiven Flüssigkeit, die vier normale Schildkröten in die Turtles verwandelte. Shredder experimentiert mit einer kleinen Schnappschildkröte und einem Schäferhundbaby. Als Rhazar und Tokka sollen sie die Turtles vernichten, aber sie sind zwar grausam, aber tapsig. Raphael kann gar einer Gefangenschaft entfliehen. Schließlich nimmt Shredder selbst Ooze ein und stellt sich, mutiert zu den Klängen von Vanilla Ice, den Turtles in einer Disco.

Ganz auf den Geschmack und die Bedürfnisse des Teenie-Publikums zugeschnitten, gehen die "Turtles" nach ihrem Sensationserfolg von 1990 in die zweite Runde. Steve Barron wurde von Michael Pressman ("Death Lord") als Regisseur abgelöst. Der verstand es, die relativ dunkle Atmosphäre des Originals mit grelleren, comicartigeren Farben aufzulockern und konzentrierte sich mehr auf die Charaktere seiner mutierten Helden-Amphibien. Auch die zahlreichen Kampfszenen wurden verspielter gestaltet. Rap-Star Vanilla Ice ("Cool As Ice") hat ebenso einen Gestauftritt wie der ehrenwerte David Warner ("Tripwire").