Durch ein magisches Szepter landen die vier Ninja Turtles und Reporterin April im Japan des 17. Jahrhunderts, während im Gegenzug vier Nippon-Krieger mitten im brodelnden Brooklyn auftauchen. In Japan strebt soeben der brutale Fürst Norinaga an die Macht und die Gäste aus der Zukunft geraten zwischen die Fronten des Bürgerkriegs. Die Turtles schlagen sich auf die Seite der bedrängten Prinzessin Mitsu und entscheiden den Streit zu ihren Gunsten, während die Samurai in New York die Feinheiten des Hightech schätzen lernen.

Die erfolgverwöhnten Ninja Turtles (in Deutschland dank Jugendschutz nur Turtles) gehen in ihr drittes großes Abenteuer und tragen diesmal der Tatsache Rechnung, daß ein großer Teil ihrer Fankurve aus dem asiatischen Raum stammt. Action-Elemente wechseln wie gewohnt fliegend mit klassischem Slapstick, während zwischendurch parodistisch Kinohits von "Wayne's World" bis "Für eine Handvoll Dollar" auf die Schippe genommen werden. Obere Chartsränge sind in Sicht.